怀孕后引起胚胎停止发育的原因有很多，有可能胚胎自身有问题，另外卵子的质量有问题，或者是外界的环境以及夫妻染色体有没有问题，所以需要逐项排查的，在临床上原因是很难确定的。
早期的胚胎停止发育，多数是胚胎本身的问题，属于自然淘汰的过程。如果只发生1次胚胎停止发育，一般不作过多处理。对于2次或者2次以上的胚胎停止发育，需要寻找原因，比如夫妻双方染色体异常，导致胎儿染色体异常，母体封闭抗体缺失——母体中胎儿保护性抗体缺失，母体抗心磷脂抗体(+)，导致微小血栓形成后胚胎供血异常等。
胚胎停育是指在孕十二周前胚胎在某些因素的影响下导致发育停止。大部分的胚胎停育是染色体问题导致的，男性精子活力差、畸形精子率高也可导致胚胎停育，子宫畸形也会引起胚胎发育不良。
胚胎停止发育的原因是比较多的，比如孕妇自身的因素、子宫发育畸形或者是免疫力低下、某些传染性疾病等。在怀孕期间用过药、或者是接触放射线，有可能是内分泌出现了异常情况。多数情况和染色体发育异常，有一定的关系。
第一就是生殖内分泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是绒毛膜促性腺激素。如果母体自身的内源性激素不够，就会造成胚胎的停育。第二是生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育。第三是子宫的问题，如果是子宫的内环境不好，或者是畸形也不会发育。第四是染色体的问题。
彩超提示胚胎停止发育，说明胚胎已经死了，没有活性，是不能救的。一旦彩超提示胚胎停止发育，就要及时行清宫手术。如果不及时的清宫，可能会导致宫腔感染、凝血功能障碍，就会导致流产的时候出血多。胚胎停止发育的原因有很多，单纯一次的胚胎停止发育说明不了什么问题，如果胚胎停止发育2次或2次以上，在下次怀孕之前，就要做相应的孕前检查。