如果是衣原体感染，可以用给予敏感药物治疗，需要治疗两周，如果已婚，应该夫妻同治，注意卫生，多喝开水，暂停性生活。用药期间还是得注意饮食清淡点，放松心情，不要吃辛辣刺激的食物为好。
支原体衣原体是阳性如果没有发生其他的症状，不需要特殊治疗，因为支原体衣原体呈阳性是正常的携带状态，不代表治病。如果检测出支原体衣原体有生殖道感染或者其他的合并疾病，类似这种情况需要给予积极治疗，在经过治疗以后，支原体和衣原体的携带率能够降下来，从而加速生殖道疾病的康复。如果是孕前检查出现了此病，需要夫妻一起检查，然后再针对病情进行治疗。
肺炎衣原体阳性说明该类肺炎是由衣原体感染所导致，称为肺炎衣原体肺炎。肺炎衣原体肺炎是由肺炎衣原体引起的急性肺部炎症，可以做咽试纸，如果分离出肺炎衣原体则该病就可诊断。对于肺炎衣原体的治疗，首选抑菌类的药膏，疗程均为14-21天。
一般来说，孕妇在孕期出现了支原体和衣原体的症状，一定要及时处理，否则会造成胎儿的生长异常，严重的还会造成死亡。现在可以在医生的指导下选用的药物是阿奇霉素片，不会对生殖产生什么作用，只要坚持服用2-3个星期，定期进行复查，基本上就可以将其彻底消灭。4-6个星期后，支原体衣原体还是不能变成阴性，可以选择中止怀孕。
此外，孕妇应该保持良好的心态，同时注意休息，保证饮食营养的均衡摄入，有助于促进机体恢复。
支原体怀孕的治疗方法如下：
如果女性感染了支原体，建议去医院进行检查，在专业医生的检查下，查明具体原因，再进行对症治疗。避免对自身与胎儿引起一定程度上的影响。此外，女性需要注意自身清洁卫生，勤洗澡勤换衣物，保持局部的清洁，每天早晚用温水进行清洗，保持外阴干燥，避免感染。夫妻双方最好同时进行治疗，治疗期间禁止同房，防止出现更多的不适感。
