多囊肾和肾囊肿有本质性的区别，多囊肾是一种先天性遗传性疾病，目前的发病机制不清楚，肾小管梗阻有关，与肾单位不同部位的局部扩张有关。肾囊肿是一种后天性的疾病，它的发病机制是一段扩张的肾小管逐步增大，形成囊肿，会有多囊肝，囊肿是相通的，在肾脏会布满各种各样的囊肿，导致肾功能衰竭。肾囊肿多数为单发，或者散在多发，不会导致肾功能衰竭。
肾囊肿与多囊肾的区别主要是发病原因不同，多囊肾是一种先天性遗传性疾病，与肾小管梗阻有关，或者与肾单位不同部位的局部扩张有关，而肾囊肿是一种后天性的疾病，它的发病机制是一段扩张的肾小管逐步增大，形成囊肿。
肾囊肿一般没有什么临床症状，常常是在做彩超时发现肾脏有囊肿，但是如果肾脏囊肿比较大，或者本身继发感染或者本身破裂出血，就会有比较明显的症状。比如：会有腰疼，腰痛一般都是胀痛，一般都是因为囊肿挤压肾脏导致，再有会有血尿，如果肾盂旁的囊肿压迫了肾盂，就会出现镜下的血尿。
一般情况下，胎儿单侧多囊肾的症状有很多，具体分析如下：
B超检查是胎儿单侧多囊肾的表现。第一点，左肾功能正常。B超显示，一侧肾体积正常，血流量正常，肾实质内无多个囊肿。第二，肾的另一端是一个多肾，并伴有肾回声增强。B超只能显示出多囊肾有多囊性变化，要做多囊肾的诊断，要做多囊肾的遗传学检查，这是一种染色体疾病。
肾囊肿和多囊肾是两种不同的疾病，一个是后天性的；另一个是先天性的。肾囊肿是一种后天性肾脏结构异常，在成人中非常常见，而且随着年龄的增长发病率会越来越高，大部分情况下对肾脏不会产生影响，只要定期随访即可。
得了这种疾病的病人会感觉自己的腰部、腹部有疼痛的感觉，这是因为肾囊肿影响了肾功能，使肾脏出现积水，使贴近肾邻近的其他器官受到牵连，积水下坠拉扯引起病人腰部有疼痛的感觉，这时候如果囊肿出血或者感染很有可能进而引发肾绞痛。
