分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
胃肠道间质瘤需要手术治疗，要求R0切除，术后还要进行辅助化疗、一系列的治疗，胃肠道间质瘤术后有复发率，常规胃肠道间质瘤的复发率很高，一般在40%-90%，原发病灶比较孤立或者小的病灶，复发率是35%。
胃肠道间质瘤是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，占消化道间叶肿瘤的大部分。可进食软饭，主食与配菜宜选营养丰富，易消化食物。忌食生冷、油煎，酸辣等刺激易胀气食物，避免辛辣，碳酸饮料，避免过酸、过甜的食物。
胃肠道间质瘤术后是需要吃药的，因为术后也是会有一定转移的复发几率，为了把转移和复发率降到最低，所以术后需要用药，中度风险的患者吃药的时间在一年左右，如果是高度复发风险的病人可以吃三年以上。
胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为，低度恶性，中度恶性和高度恶性。直径为几毫米的胃间质瘤，判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查。肿瘤直径达到2cm-3cm或以上为中度恶性，此时需通过手术进行治疗，以防危害生命。
