临床上引起男性阴茎短小的原因有，促性腺激素分泌不足的性腺功能减退、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退、原发性小阴茎。对于前两种是可以通过激素调整的，但是对于激素调整不成功的，只能是通过外科手术了。
受种族、遗传、先天发育和后天发育等诸多因素的影响，每个人的阴茎长度不同，有的长，有的短。正常成年人的阴茎长度是正常的，只要在不勃起时达到3—6厘米，勃起时达到8—15厘米。如果比长度短，内径甚至更短。
成年男性的阴茎是不可能再二次发育长大的。现在是属于阴茎短小，应该到正规的公立医院进行检查，可以采取阴茎延长的手术方法进行治疗，要多吃蔬菜和水果，不要吸烟与喝酒。
导致早泄的原因很多的，如心理紧张，有性功能障碍，或存在包皮过长，龟头敏感度高等都会引起早泄的，阴茎短小可以做阴茎延长术。并且要戒烟酒及辛辣的食物，合理正常的性生活，可以去医院进行检查，对症治疗，缓解症状。
阴茎短小对生育没有影响，只要精子正常，性功能正常，不仅对生育没有影响，对性生活也是没有影响的，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下长度在5厘米以下，而且勃起时长度在10厘米以下，被称为阴茎短小。
阴茎短小，中医一般认为肾元不足。指成年男子阴茎短而细小如未成年状，不能进行正常的性行为，因而也就没有生育能力。可伴见性欲淡漠，毛发不泽，发育欠佳，体倦易疲，舌质谈白，脉沉细。
