不会影响的。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症囊肿。每个月，随着月经来潮出血，子宫内膜出血，在卵巢内部形成巧克力液体，每个月随着月经来潮增大，为了防止破裂必须手术剥离囊肿穿刺。但是手术也不能治疗好。只要月经正常，卵巢功能正常，就会复发。
打算要孩子，巧克力囊肿手术之后，连续用3到6个月，打针期间是不能怀孕的。克力囊肿是子宫内膜异位引起，严重时可以导致组织器官黏连引起不孕。现在手术后打针考虑是为了减少复发。打针期间有正常的性生活，没有避孕的情况下，是可以有怀孕的几率。打针防止复发的药物没有避孕的作用。只要是有精子和卵子结合，就可以怀孕。
一般的水果都可以吃的。食物还是应该吃蛋白含量高一些的。平时注意休息，不要过度劳累，不要熬夜，不要吃生冷辛辣的食物。术后应该注意的事项有，平时的卫生习惯一定要注意，不要阴道冲洗。
可服用中药舒肝理气调理看看的，增加保健，保持睡眠的充足和营养的均衡，多运动，但不要做剧烈运动。多喝水，还要多吃青菜，苹果之类的，少吃辛辣刺激性的食物。放轻松心态，不要有精神压力。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
