保守治疗，一般多囊肾处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低血压或者采用一些结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗，多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
多囊肾的如果出现了压迫症状明显，肾功能处在失代偿阶段，可以进行囊肿去顶减压术，一般手术分侧进行。手术的同时，一定要在生活饮食习惯上多注意，中药的辨证论治在治疗多囊肾方面有一定效果。
如果囊肿直接导致了肌酐明显偏高，时候就有必要进行手术治疗了，因为越到后面，肾脏功能影响越大，比较大的囊肿，手术可能起到减压，缓解对附近肝肾组织的压迫作用。
胎儿多囊肾的症状是双侧肾脏对称性均匀性增大，回声增强。或者双侧肾脏能够看到多发性的囊肿，这是多囊肾的特征性表现。多伴有膀胱显示不清，由于肾脏失去功能同时造成羊水过少。
如果说囊腔变得过大，形成了压迫症状，可以进行囊肿的去顶减压手术，把大的肾囊肿去除掉，肾功能进一步恶化会逐渐进展到尿毒症期，这时候可以进行血液透析来进行肾脏替代治疗，必要的时候可以进行肾移植。
多囊肾是一种遗传性肾病，目前对该病的治疗有非手术治疗和手术治疗。非手术治疗为内科对症治疗，多囊肾患者容易出现血尿，出现肾功能衰竭的多囊肾患者易于合并高血压、贫血等，这时的治疗需要针对症状进行止血、改善肾脏循环、控制血压、纠正贫血等。
