它们的主要区别是生长的部位和症状是不一样的。痔疮一般的是生长在直肠管内，一旦发作可以使用相关药膏，进行外塞能够好转。而肛门脓肿一般生长在肛门的周围，可以用手摸到有硬肿块，外用药物没有效果。治疗上，肛门周围脓肿，首先选择脓肿切开引流手术。痔疮应该尽可能给予保守治疗，症状反复发作或者影响生活的3、4期痔疮才考虑手术治疗。
肛门脓肿严重。因为发病比较急，疼痛比较厉害，短时间内可以沿着肛周的脂肪间隙蔓延。如果是慢性的肛周脓肿，一般形成脓肿会有一个过程，疼痛不是特别厉害，全身症状不是特别重。
肛门脓肿的症状。肛门脓肿属于肛周的一种急性感染，多继发于肛腺的炎症反复发作不愈，病人会有明显的肛门疼痛伴有发热，排便时也会导致症状的加重，深部的脓肿还会有明显的寒战和乏力，化验也会表现为血常规白细胞和中性粒细胞比例明显增高，查体在肛周表现为皮肤充血水肿的炎症表现，局部充进行穿刺可以获得脓液，早期诊断应该及时的选择手术切开引流。
肛门脓肿属于肛门直肠部位的感染化脓性疾病，而痔疮是肛门直肠部位的静脉团块样肿物，两者属于不同疾病，不存在因果关系，但两者可以同时发病。肛周脓肿建议采用抗炎治疗+手术治疗的方法。痔疮大多经过保守的外用药物治疗可以缓解，严重的才考虑手术治疗。
医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。尿道术后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染、产后会阴破裂缝合后感染等手术都可能引起脓肿。
肛周脓肿是指，发生于肛门、直肠周围的急性感染性疾病。局部表现为红肿、疼痛，体温升高以及脓腔形成，进行检查时可以发现局部波动感，感染严重时甚至可以有全身的畏冷、发热症状。痔疮是指由于肛垫下移及静脉丛发生团块状曲张，而引起的直肠及肛门周围良性病变，临床上主要表现为肛门直肠肿块，便血，如果有血栓形成时，也可以出现疼痛症状。
