输卵管囊肿手术可以通过腹腔镜或者开腹来完成，随着腔镜技术的普及，随着腔镜技术的提高，大部分手术可以通过腹腔镜这种微创的方式来完成。手术过程当中将囊肿完整剥除，注意尽量保护正常的输卵管系膜，尽量保证不影响输卵管的走行，从而有利于患者以后的受孕。
腱鞘囊肿手术通常需要切除腱鞘囊肿。
腱鞘囊肿是一种囊性肿物，发生在腱鞘的位置，里面有透明或黄色的粘稠状液体。如果是腱鞘囊肿，通常会影响到关节的活动，出现剧烈的疼痛，可能需要进行手术。
在进行手术时，通常需要将囊肿完全切除，还可能需要将所连接的腱鞘一并切除。如果是由于关节囊滑膜疝出所致的腱鞘囊肿，则需要在关节囊底部进行缝扎，即在摘除囊肿之后将关节囊底部进行缝扎，避免出现腱鞘囊肿的再次出现。
骨囊肿手术一般需要在麻醉下做。
四肢长骨干骺端可能会形成骨囊肿，造成局部病变，前期可能会没有明显症状，但是后期可能会导致疼痛。此时患者一般需要及时进行手术治疗，需要在麻醉下进行手术，在骨囊肿附近的皮肤表面进行切口，随后将骨囊肿璧切开，刮除囊肿，再进行植骨，同时需要在局部进行内固定或外固定，以促进愈合。手术后患者需要适当休息，避免剧烈运动。
女性在做了输卵管囊肿剔除手术之后，如果输卵管的功能正常，是可以再次怀孕的。但是有很多女性在手术以后输卵管形成瘢痕组织，导致输卵管蠕动功能有异常，此阶段容易出现宫外孕的现象。
输卵管囊肿手术三个月以后才可以怀孕，三个月后怀孕前也是需要先做个输卵管造影，检查一下输卵管是否畅通。如果畅通才可以考虑怀孕的，还需要做一个身体的全面检查，排除一下有没有其他疾病。
手术不是很简单，巧克力囊肿一般是子宫内膜移位导致的；输卵管积液是由于输卵管炎症导致的输卵管闭塞，使输卵管内的分泌物流不出来集聚在输卵管。巧克力囊肿和输卵管积液一次麻醉两个疾病一起手术，费用根据医院的级别不同收费标准不太一样的。
