最近总觉得肚子两边有点不舒服

根据你的症状描述，首先要考虑是否为胃肠道相关的疾病。建议你先做一下便常规检查，排除是否有肠炎、胃炎等炎症性疾病的可能。
如果检查结果显示没有明显异常，那么可能是消化不良引起的症状。你可以尝试服用乳酸菌素片或健胃消食片来帮助调节肠道菌群和促进消化。
另外，要注意腹部保暖，尤其是在晨跑或者运动后不要马上脱掉外套，避免受凉加重症状。现在是秋季，早晚温差较大，建议根据天气变化适时增减衣物。
如果经过上述处理症状没有缓解，或者出现其他不适症状（如发热、呕吐等），建议及时就医进行进一步检查和治疗。