念珠菌感染治疗原则是消除诱因，同时用抗真菌的药物治疗。首先消除诱因，比如停用广谱抗生素，积极治疗糖尿病，不要穿过紧的裤子，注意性生活卫生，勤换内裤，用过的内裤，盆或者毛巾，用开水烫洗。其次药物治疗，有全身用药和局部用药。
局部用药，用于部分皮肤和粘膜念珠菌病，全身用药用于局部用药无效的皮肤粘膜念珠菌病，以及部分粘膜系统性念珠菌病的治疗。药物选择，由于耐药菌株的不断增加，应根据真菌的药物敏感实验来选择药物，在经验性治疗中对于皮肤粘膜念珠菌病，通常使用吡咯类药物，相对安全有效；而对于侵袭性念珠菌病，两性霉素B和吡咯类药物均可采用，但如果是重症感染或重要部位非白念珠菌感染，则两性霉素B优先考虑，待药敏结果出来后再做调整。
如口腔、外阴、阴道白色念珠菌感染等的治疗：轻者以局部治疗为主，重者考虑全身治疗。口腔感染治疗通常使冲洗及含漱的基础上给予外用药，疗程一般为7～10日。念珠菌感染无性别差别，可累及任何年龄组，包括未出生的胎儿，感染可侵犯人体几乎所有的组织和器官。累及多个系统或脏器成播散性念珠菌病，包括念珠菌血流感染。
有念珠菌感染需要系统规范的治疗，如果治疗不好就容易反复发作。臭氧对念珠菌有杀菌作用。霉菌性阴道炎可以买点药物洗液清洗外阴，阴道内上药物消炎治疗，连续上7~10天为一个疗程，需要连续上3~6个月。治疗期间禁止同房，少吃辛辣刺激性的食物。
念珠菌也就是霉菌性阴道炎，霉菌是条件致病菌喜欢酸性环境女性可以用碱性溶液碳酸氢钠清洗阴道后上治疗期间不能同房，夫妇俩同时治疗，不要吃一些太过辛辣刺激的食物，也要注意自己个人的一个卫生，尤其特别在性生活方面要节制。
