肾脓肿的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗，疗程通常要半年以上，需要配合做引流治疗，治好后，多不会复发。另外平时饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，注意合理睡眠。
药物治疗结合早期的引流。传统的治疗提倡切开脓肿引流，在超声或CT引导下经皮穿刺安置适当大小的引流管也可以。如经皮引流无效时，必须及时切开引流或作肾切除术。对于肾周脓肿来说，仅用抗生素治疗是不够的。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
肾脓肿多和细菌感染有关的，如果是普通的细菌感染，则属于比较容易治好的，如果是结核分枝杆菌所致的改变，则治疗比较困难的，疗程通常要半年以上的，这种疾病的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗的，多需要配合做引流治疗的，治疗后，多不会复发的。
两侧肾脓肿是在肾脏的皮层上出现许多细小的脓洞，这些小脓洞逐渐的合并和扩张，称为肾痈。临床上最常见的是金黄色葡萄球菌，一旦诊断为肾脓疡，在诊断为急性肾脓疡时，可以选择广谱抗生素，最常用的是万古霉素、氨基糖甙、三代头孢菌素等。肾脏脓肿有发热、腰紧张、肋脊角压痛等症状。出现发烧的时候要进行血液检查，看看有没有细菌，有没有对药物过敏。如使用抗生素48个小时后仍无明显疗效，应在CT、B超指导下进行穿刺引流术，以免出现严重的炎症。
在日常生活中，患者应该注意休息，避免熬夜，早睡早起。
对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。外科手术治疗，适用于脓肿经久治不愈，脓腔不缩，感染不能控制，手术无禁忌症者。
