通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
肛门囊肿是肛周脓肿的前期阶段，是由于肛门周围皮脂腺慢性炎症引起，如果不及时治疗很容易转变成为肛周脓肿。因此，肛门囊肿一旦形成就需要及时治疗。治疗包括手术切除治疗和保守治疗。
肛门囊肿是肛周脓肿的前期阶段，是由于肛门周围皮脂腺慢性炎症引起，如果不及时治疗很容易转变成为肛周脓肿。因此，肛门囊肿一旦形成就需要及时治疗。治疗包括手术切除治疗和保守治疗。
用抗炎类的药物进行治疗。而对于那些经常反复出现炎症等原因引起的宫颈囊肿的女性，应当进行相应的手术治疗。平时的时候，也需要注意个人的卫生。在宫颈囊肿的治疗方法之中，心理治疗对于疾病治疗是很重要的。
生理性卵巢囊肿包括卵巢潴留囊肿、黄体妊娠囊肿。生理性囊肿一般初次发现，病程短，一般月经干净后复查彩超可以消失。病理性卵巢囊肿一般病程持续半年以上，做彩超可疑卵巢子宫内膜异位囊肿，或卵巢畸胎瘤或交界性肿瘤或卵巢癌，一般需要手术治疗。
