婴儿进行核磁共振通常是没有明显危害的，可以在医生指导下正常进行，无需特别处理。
对于婴幼儿来说，核磁共振是一种非常安全的检查方法，是一种使用高场强磁场进行检测的仪器，通常不会对人体造成任何的伤害，在临床上是一种常用的检查方法。但是磁共振检查耗时较久，噪声较大，婴儿可能不能配合检查，要先进行镇静。需要注意的是，当通过磁共振发现幼儿患有某些疾病的时候，最好是可以尽快的进行治疗，并且在选择药物的时候也应该要慎重。
胸部核磁共振在胸部主要用来检查肋骨、脊柱。了解肋骨是否存在骨损伤，是否存在肋骨骨折，若存在肋骨骨折，可了解是陈旧性肋骨骨折或者是新鲜肋骨骨折；了解脊柱是否存在压缩性骨折及骨折的情况，还有是否存在脊髓损伤。胸核磁共振在肺部的应用很少，因肺多为含气囊腔，都用CT检查，核磁共振对肺部的检查效果不佳。核磁共振还可以用于纵隔脏器的检查。
核磁共振大部分都是控制在半小时左右，因为成像是分不同的序列去进行的，每个序列需要5、6分钟的时间。做磁共振检查的时候，是根据要扫描的不同的部位，这时候时间是有所差别的。
孕期尽量不接受核磁共振检查。如需明确诊断，亦可进行核磁共振检查，但在妊娠早期，即妊娠头3个月内，尽可能不进行核磁共振检查。
由于在怀孕早期，胎儿各脏器都处于发育成熟阶段，是致胎畸形敏感期，妊娠中晚期可进行核磁共振检查。如妊娠中晚期，胎儿侧脑室宽大，一般不超过1.0厘米，如果超过1.5厘米的话，彩超即可确诊为脑积水；
若侧脑室宽度为1.0~1.5厘米，则需核磁共振来明确胎儿畸形及去留。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
