复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
即使是怀孕生育后也是有复发的可能的，但是几率比较小。有生育要求的病人，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。可以在经指导下选择恰当的治疗方式。
巧克力囊肿是有可能会复发的，巧克力囊肿一般是由于子宫内膜异位症造成的，一般如果巧克力囊肿比较大，建议进行手术治疗，手术治疗之后可以在医生指导下服用药物来治疗子宫内膜异位症，如果子宫内膜异位症恢复到正常，是不会再复发巧克力囊肿的。可去正规医院检查后确定治疗方案。
巧克力囊肿有的时候很有可能会复发，希望患者在医院还查一下CA125，如果没问题，即使复发治疗起来相对也简单的多。平时多注意一下饮食问题和，还有日常生活习惯。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
