生吃洋葱的危害主要是容易引起反酸烧心的情况，同时也会出现排气过多，腹胀难受，另外会刺激胃肠道，使胃肠道的黏膜破损，诱发胃炎或者是肠炎。另外对于患有皮肤病的人来说，生吃洋葱可能会导致病情加重。
洋葱富含多种植物性化学成分，有助预防现代人常见疾病，包括高胆固醇、骨质疏松等，风寒感冒咳嗽可以吃，洋葱性温，有祛风散寒的作用，但有些洋葱辛辣味过重，会加重咳嗽。其他的风热感冒咳嗽等，不建议食用。
糖尿病的患者是可以生吃洋葱的。
其实严格来说洋葱是一种蔬菜，但是吃洋葱的时候尽量不要生吃，因为生吃洋葱刺激性比较大，然后味道也不是特别好，所以不适合一些肠胃功能不是特别好的人。此外，如果生洋葱味道辛辣，可能会使患者无意中摄入过多主食，也会对血糖产生不良影响，其实可以把洋葱当蔬菜煮着吃，其热量含量略低，这是一个值得注意的方面。
生吃比较好，洋葱具有很多的功效，具有清血功能，每周摄取足够洋葱的人纤溶活性最高，而不吃或少吃的纤溶活性低，可见洋葱能提高纤溶活性，达到清血作用。具有预防骨质疏松的作用。
洋葱生吃可以刺激胃酸分泌，增进食欲。洋葱能提高胃肠道的张力，促进胃肠的蠕动，从而起到开胃的作用。对萎缩性的胃炎，胃动力不足，消化不良等引起的食欲不振有明显的效果。洋葱还具有杀菌能力，能有效抵抗流感病毒，预防感冒。洋葱还具有祛痰，利尿，发汗以及抑菌的作用。洋葱生吃还可以刺激人体的免疫反应，从而抑制癌细胞的分裂和生长。
生吃洋葱是非常健康的，洋葱有着杀菌的功效，而且洋葱还能预防高血压和癌症，能提神和抗衰老，洋葱是不可多得的保健食品，洋葱的杀菌抑菌能力强，极少患病虫害，是一种比较洁净的无污染绿色食品。洋葱含有前列腺素A，能降低外周血管阻力，降低血粘度，可用于降低血压、提神醒脑、缓解压力、预防感冒。洋葱还能清除体内氧自由基，增强新陈代谢能力，抗衰老，预防骨质疏松，是中老年不可多得的保健食物。
