初期的灰指甲的治疗需要根据病情选择，如果只是浅表型的、远端游离甲下型的症状，建议治疗前把病甲修除掉，再局部采用外用的药物来进行治疗，比如高浓度的酸性物质，从而抑制局部真菌的生长。至于稍微严重的灰指甲，则需要口服抗真菌药物。
灰指甲，是由真菌感染造成的。治疗办法是：口服抗真菌类的药物进行灭真菌治疗。在药物选择方面，可根据年龄以及其肝肾功情况、感染灰指甲的真菌种类进行选择。如果没有行真菌培养，可以选择抗菌谱比较广的药物，如伊曲康唑胶囊来抗真菌治疗，或行冲剂疗法，服用1星期停3个星期，一共进行3-4个月。在治疗同时，每个月监测一次肝功，因为抗真菌的药物会对肝脏有一定的损伤。
对于灰指甲这种真菌感染性的疾病，其实还是具有一定传染性的，很容易从一根指头发展到所有的指头，这就需要及时的发现灰指甲，然后就是及时的进行灰指甲的治疗，主要用到的就是浸泡、局部涂药和封包削治等方法，安全、无痛苦、无副作用。
外用疗法根据药剂不同，主要局部涂药和封包削治等方法。涂药前若先将病甲削薄，疗效更好。涂甲之前注意用温和药膏保护甲周的皮肤。治疗灰指甲要坚持不懈。同时还应积极治疗身体其他部位的癣病及慢性全身性疾病，提高自身抵抗力，防治并重。
灰指甲属于是真菌感染。可以选择局部涂抹抗真菌的药物，同时要配合口服药物联合治疗，在治疗期间需要经过正规的按疗程治疗，真菌感染是不容易解决的，治疗时间不能低于三个月。
灰指甲在感染了以后不管是感染的面积都应该注意在上药的时候全都把周围皮肤覆盖上一起，避免出现传染的状况。外用的药物的渗透性比较差，所以说在上药前一定要先磨薄了病甲才行，同时还要慎用所谓软甲药膏，到目前为止，还没有任何药物可以上药后让病甲直接剥离。
