卵巢巧克力囊肿，主要是子宫内膜异位症所致，是会影响到生育的，所以如果存在有卵巢巧克力囊肿，还是建议手术切除。手术以后并使用药物进行控制一段时间，只要控制得当，是不会影响到来月经的。也不会影响到生宝宝。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
卵巢巧克力囊肿是指子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，这种疾病本身就对怀孕有一定的影响，手术后反而对怀孕是有帮助的，一般在术后半年内备孕。然后就可以制定自己的生育计划了。
巧克力囊肿会影响怀孕。因为巧克力囊肿本身，是具有活性的子宫内膜细胞异位在卵巢，随着月经周期出现，每个月都有出血的现象，时间久了就形成一个囊肿。子宫内膜异位症病人在临床上，大约有40%左右的病人会造成不孕不育，所以巧克力囊肿病人及时手术治疗，手术之后尽快计划怀孕。
巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到生命安全，所以必须要选择正规的妇科医院进行治疗。
巧克力囊肿手术后怀孕有可能会对胎儿带来影响，因此需要及时到医院进行检查。
巧克力囊肿手术以后会导致盆腔粘连，影响到输卵管，因此会影响到排卵功能，因此需要及时到医院进行检查，如果影响到胎儿健康，需要遵医嘱及时的终止妊娠，因此在做完手术后应该采取相对应的避孕措施。
在恢复期间可以多补充身体所需要的营养，而且还需要适当的进行锻炼。
