肾囊肿可以引起肾脏皮质的破坏，影响肾脏功能。
囊肿增大压迫肾组织可引起血尿，并可诱发尿路感染、结石、梗阻及腹膜后出血，少数有恶变的可能。一部分肾脏肿瘤（如囊性肾癌）会因为肿瘤内部形成坏死。囊肿很大时，才会有腰部酸痛症状。当囊肿较大时或者有肾功能减退。囊肿有可能突然破裂,导致感染和病情加重,长期压缩周围的肾组织影响肾功能。
建议早发现早治疗，建议去医院请医生结合临床择期进行手术治疗，并注意个人卫生，保持心情舒畅，避免过度劳累，加强营养，忌食生冷油腻辛辣刺激性食物，忌烟酒。
儿童肾囊肿早期通常没有症状。
儿童患肾囊肿要引起重视，及时治疗，囊肿逐渐增大会有腹部肿块、腰痛、血尿、蛋白尿等症状。家长要重视，要带儿童及时到医院检查治疗。一般要检查血常规、尿常规、B超及肾功能，一般通过手术的方式治疗。生活中不要吃巧克力和辛辣的食物，多休息，保证规律的作息，注意做好保暖，避免感冒。
肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。
肾囊肿的药物治疗，目前来说没有什么特效药针对肾囊肿让囊肿不长或者是消失。主要还是因为肾囊肿它主要是肾小管憩室形成的，跟年龄相关，可能是属于退行性的改变。而且肾囊肿它对身体没有什么太大的影响，即使是肾脏中有几个，两个、三个，甚至是五个、十个的小囊肿，它对肾功能以及生活都不会造成任何影响。
不管中药还是西药肾囊肿靠药物是无法治疗的，由于单纯性肾囊肿多无症状，对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗，只要6个月到1年随诊。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。如果囊肿巨大，直径超过10cm则可能需要手术治疗。
