中药大多数能够治疗肛周脓肿。
肛周脓肿的患者可以让专业医生开出一些能够起到清热解毒以及去火的中成药，然后在饭后半小时煎成汤药以后服用对于病情能够起到改善。在口服中药来治疗疾病期间观察是否有恢复状况，如果持续性不见好转，可以选择到医院进行手术切除。
在生活中一定要保持清淡饮食，还要养成定时到厕所排便习惯、保持大便在通常状态下，对于肛周脓肿能够起到辅助效果。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
脓肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。脓肿一旦形成，即行切开引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。治疗时需要去正规大医院。
治疗肛周脓肿最重要的是找到内口进行治疗，只是单纯排脓是不行的，可以采用微创手术治疗肛周脓肿，可以一次性治疗，处理不当容易形成肛瘘。对于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
