巧克力囊肿可以采取中药灌肠帮助症状得到改善。
通过中药灌肠方法能够帮助病情得到改善，同时可以采取活血化瘀中药帮助症状得到改善，如果巧克力囊肿比较大时，影响到正常生活，需要及时采取手术进行治疗。巧克力囊肿属于是子宫内膜异位症，出现病变，会出现不孕不育和月经异常以及痛经等症状发生。
在恢复期间需要谨遵医嘱按时用药，定期去医院进行复查，养成每天更换内裤习惯，保持私密处干燥和卫生，恢复期间避免进行性生活。
卵巢巧克力囊肿有癌变的可能。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上而形成，对于卵巢的巧克力囊肿，恶变的可能性比较少见。临床上有一些情况，需要警惕卵巢巧克力囊肿恶变的可能，卵巢巧克力囊肿的直径比较大，直径大于10cm，需要考虑有卵巢巧克力囊肿恶变的可能。
理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能，但癌变率极低，不超过5%。
巧克力囊肿癌变的几率非常小，一般是子宫内膜异位造成的，但是可能会影响生育，所以出现巧克力囊肿需要及时的手术，去正规大医院手术，大医院的医生相对经验丰富，设备比较先进。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到生命安全，所以必须要选择正规的妇科医院进行治疗。
