怀孕三个月肚子痛可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：如果孕妇从事了重体力劳动，可能会影响胎儿的发育，导致先兆流产。
2.饮食不当：孕妇吃了不干净的食物，会导致肠胃不舒服，腹部疼痛。
3.其他：子宫囊肿蒂扭曲、阑尾炎等都会引起腹部疼痛。
怀孕三个月肚子痛孕妇要及时到正规的医院进行B超检查，确定腹部疼痛的具体位置及病因，从而进行针对性的处理。
这类疾病如果不是很严重，建议喝一些温开水来补充失去的水份，并注意腹部保暖以免感冒。严重时建议到医院进行补液治疗，避免引起脱水，电解质紊乱和休克而影响胎儿生长发育。
平时在饮食上必须讲究卫生，忌食辛辣，刺激，生冷等食品。孕期应多吃好消化食物，适当进行运动锻炼，不要久坐、久卧，避免胃肠道动力不足，出现消化不良的情况。
怀孕三个月肚子痛可能是存在着有先兆流产的可能，如果是食用了不卫生的饮食，也可能会出现有胃肠道不适，会出现肚子痛的，如果女性患有卵巢囊肿蒂扭转或者是阑尾炎的情况，也会出现有肚子痛的，所以女性如果怀孕三个月肚子疼，应该尽早去医院复查，做妇科B超，明确肚子疼的部位和原因，以便采取有效的治疗措施。
如果只是隐痛的话，也是没有问题，因为怀孕期间本身就是会有偶尔出现疼痛的，如果是疼痛较为严重，需要先做B超，排除胎盘低置动了胎气的可能性，要排除宫缩，如果没有这些问题的话，再考虑存在肠胃消化因素。
怀孕一个月肚子疼的原因有两种。怀孕一个月的生理性疼痛，如果只是隐隐作痛，没有阴道出血或者下腹坠痛，这是孕早期的正常反应，因为孕妇子宫增大刺激骨骼，一般会感觉到腹部隐隐的牵拉痛。病理性疼痛和病理性疼痛首先要考虑是先兆流产引起的，如果在怀孕初期出现阵发性小腹痛、周期性腹痛、腰痛、盆腔痛、阴道点状出血、腹部明显下坠感等症状，可能是先兆流产，需要及时就医；其次是宫外孕，如果出现单侧下腹剧痛伴阴道出血、晕厥等症状，应及时就医。也有可能是因为孕妇吃了变质的食物或者冷冻刺激的食物引起的肠痉挛，导致肚子疼，建议多喝些温水休息，如果不能缓解，建议去医院就诊。
怀孕三个月以内胚胎不太稳定，容易出现先兆流产和腹痛的表现。三个月之后胚胎比较稳固，不太容易出现阴道流血、腹痛的情况。如果怀孕已经三个月了，突然出现肚子疼，需要鉴别诊断，比如腹痛位置，和胃肠道的疾病、阑尾炎、卵巢囊肿等相鉴别。