预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘，主要是切开瘘管，并将瘘管壁全部切除，创面不缝合，如果创面比较大，可以部分缝合，使创面由底向外生长，直到愈合，所以高位复杂性肛瘘手术后，更要保持肛门部的清洁，及时换药，避免复发。
肛瘘手术后复发的原因：绝大多数是因为内口没有找准确，或没有把感染的原发灶即内口彻底清除。据近年来的研究表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管。
肛瘘手术后复发可以换药或者是再次手术治疗，经过检查并且做了肛瘘手术以后，现在又有复发的表现，应该进一步的了解，是肛瘘的症状还是其他的原因导致的，平常多吃蔬菜水果以及含粗纤维食物，预防便秘，有助于伤口的恢复。
肛瘘手术后是会引起复发的情况的，主要是因为内口的处理欠妥，异物的存留，还有可能是因为术中的异物、结扎线、缝合线、棉纱等残留窗口内，为感染的诱因以及术后护理不当，换药时间间隔过长引起复发的情况。