脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。
做头部磁共振的时候，跟磁共振检查都是一样的。首先就是自己做好准备，肚子不要太饿也不要太饱，大小便先排掉，这样就会比较轻松一些。另外就是身上的金属异物都要拿掉，尤其是发卡。
造影剂在临床增强检查中是经常使用的，对人体的副作用不是很大，使用之前先做过敏试验，它的副作用是容易引起过敏，所以做检查之前应该消除紧张的心理建议，造影剂是靠肾脏代谢的，所以做完之后，要求多喝水，勤排尿，来把造影剂代谢出去。
可以检查脑实质，侧脑室，中线结构，鞍区，双侧乳突，双侧眼球及眼眶，以及部分鼻窦和鼻咽。磁共振在临床上的应用非常广泛。磁共振检查头部，对于头部所存在的绝大部分问题都可以查出来，磁共振对软组织的检查更具优势。
脑部磁共振在临床上的应用非常广泛，磁共振对于头部及其器官的绝大部分问题，都可以查出来。因而，磁共振对脑颈的检查具有很大的优势，如脑颈部是否存在有肿瘤出血，梗塞或是血管畸形等问题。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
