脑部磁共振在临床上的应用非常广泛，磁共振对于头部及其器官的绝大部分问题，都可以查出来。因而，磁共振对脑颈的检查具有很大的优势，如脑颈部是否存在有肿瘤出血，梗塞或是血管畸形等问题。
脑核磁共振检查可以看到脑实质的结构，有无占位性病变，有无脑出血，脑梗死等，尤其是对脑髓质疾病、肿瘤、水肿等诊断的敏感度高。磁共振头颅检查主要用于脑血管疾病，如脑缺血、脑梗死、脑出血、血管畸形等。
脑炎可以磁共振正常、脑电图异常，应该做腰穿、行脑脊液检查，看结果。另外，还要看会不会是癫痫，引起癫痫的病因很多，也要做好多检查。所以在此期间应该是做个详细的检查，这样才可以帮助更好的观察病情，也可以防止引发漏查误查的现象。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
可以检查脑实质，侧脑室，中线结构，鞍区，双侧乳突，双侧眼球及眼眶，以及部分鼻窦和鼻咽。磁共振在临床上的应用非常广泛。磁共振检查头部，对于头部所存在的绝大部分问题都可以查出来，磁共振对软组织的检查更具优势。
核磁共振后可以立即怀孕。
目前并没有发现做核磁共振会对怀孕产生任何影响，所以在进行核磁共振后可以立即备孕。因为女性怀孕需要一段时间，并不是同房后立即就能怀孕，所以基本是不会受到核磁共振的影响的。女性如果有生育计划，最好提前半年进行备孕，补充身体怀孕所需的各种营养和维生素，比如叶酸。并养成良好的生活习惯，避免熬夜和劳累。