一般来说，顽固性霉菌性阴道炎，其治疗方法和单纯的霉菌性阴道炎是一个道理，主要是通过药物治疗来达到根治的目的。
顽固性霉菌性阴道炎是由假丝酵母菌感染所致，所以，必须要用到抗菌药物。首先，可以口服氟康唑，第二步是进行阴道局部涂药，常用咪康唑制剂、克霉唑制剂、制霉菌素栓等。同时，病人也要按照医生的指示用药，配合治疗，建立自信，才能更快的康复。
一般情况下，对患有顽固性霉菌性阴道炎者，可综合应用各种治疗方法，并适当延长疗程。
可以使用红核洗液加妇炎洁洗液行外阴及阴道冲洗，必要时加用碘伏以保持阴道清洁，也可口服克霉唑栓剂作辅助治疗。对于患有慢性宫颈炎以及宫颈糜烂者，则需要对其采取物理性治疗，如红外线照射、紫外线辐射等。治疗过程中应避免同房，保持饮食清淡，并注意清洁卫生。
顽固性霉菌性阴道炎患者在临床实践中对医生及患者造成了极大的困扰，因此在治疗中必须注意以下几点才能达到根治：
1、是进行阴道分泌物训练，进行了霉菌+药物敏感试验培养，临床上以试验室检查结果为准，然后有针对性地使用药物，从而实现有效治疗。
2、对反复发作霉菌性阴道炎患者，然后，性伴侣还应同时进行用药治疗，从而避免了日常生活交叉感染并导致反复发作。
3、一些生活习惯需要改变，如患者衣裤，特别是内衣内裤，必须与健康人单独洗涤，并且袜子不可以和内裤放在一起清洗。
4、在家里不要把自己的房间弄得乱七八糟。
霉菌性阴道炎本身就是很容易复发的，要提高免疫力，不要乱用抗生素，在用药治疗化验呈阴性后，还要继续巩固两个疗程。顽固的霉菌性阴道炎，需要去医院检查血糖，高血糖的妇女容易合并霉菌性阴道炎，需要治疗原发性疾病。在使用药物时，主要使用一些抗真菌药物。应该定期出去锻炼，增强身体的抵抗力，少用清洁液清洗阴道，以免破坏阴道菌群。
霉菌性阴道炎单纯使用洗液进行清洗是不够的，需要同时外用治霉菌的阴道栓剂进行治疗，患者可以到当地正规的医院，听从医生意见。内裤要及时更换，在阳光下暴晒消毒，饮食上不要吃辛辣和过于刺激性的食物，寒凉的食物也要少吃。
保妇康治疗霉菌性阴道炎也不受影响。可注意外用苏打水清洁局部区域和克霉唑阴道治疗阴道炎。同时，应该注意抗炎。治疗期间不要共享同一个房间，吃刺激性食物。有利于阴道炎的治疗，也有必要进行复查以确定恢复情况。
