口腔溃疡通常限于疼痛、发红、肿胀等。在口腔里。手足口病通常伴有发烧，或红疹皮肤和四肢水泡。因此，应尽快注意调节和观察。然而，对症状的判断仍然存在局限性和错误。应该尽快对儿童进行血液检查，以帮助诊断疾病。确诊后，应根据疗程服药。
手足口病跟口腔溃疡二者有个区别就是前者会传染后者不会。手足口病主要临床表现为：发热，同时会有手、足、口腔等部位出现斑丘疹、疱疹，还有的会出现咽喉疼、头痛或者流涕等感冒的症状。而口腔溃疡一般称之为上火，属于口腔的疾病。
手足口病是一类病毒感染的统称，是病因。两者可重叠，即手足口病可表现为口腔溃疡的可能，口腔溃疡可由很多病因引起手足口病病毒是其中之一。手足口病是病毒感染引起，口腔溃疡病因不明确，但是于病毒感染关系不大。手足口病主要时学龄前儿童多见，主要表现为口腔黏膜糜烂溃疡多呈多发，同时伴有手及足部水疱，严重时会涉及臀部，伴有发热，有传染性，需要积极抗病毒及支持治疗。
一般来讲，小儿手足口病导致口腔溃疡7-10天即可痊愈，小儿出现手足口病是因为小儿感染肠道病毒，如小儿感柯萨奇病毒或EV71病毒等。
小儿感染肠道病毒后可表现为手足及口部等部位的疱疹甚至臀部疱疹。口腔部位疱疹红肿后常引起口腔溃疡，适时服用抗病毒中成药后，如蒲地蓝消炎口服液或莲花清瘟胶囊，手足口病所致溃疡多可在7～10天内得到改善。
口腔溃疡不是手足口病，口腔溃疡多以溃疡的症状出现，而手足口疾病会有疱疹以及发热口痛的现象。孩子口舌生疮，多数是由于免疫力低下，缺乏b族维生素导致的口腔溃疡，应该结合临床症状选择药物的方式进行改善，平时要多休息，饮食要清淡。
口腔溃疡不是手足口病，口腔溃疡和手足口病在发病机制，临床表现，治疗和预后方面有很大差异。首先，口腔溃疡病因不清楚，是在口腔粘膜上产生一种溃疡病，与细菌感染和病毒感染有关。然而，手足口病主要发生在5岁以下的儿童，并且口腔，手和脚的表面发生病毒感染，通常由胃肠病毒和柯萨奇病毒引起。