通常情况下，黏膜下肌瘤可以通过药物、手术来治疗。
如果黏膜下肌瘤很小，没有其它的征兆，不需要特别的处理。如果是因为子宫肌瘤导致的女性出现了月经不调、腹部疼痛等情况，需要进行及时的治疗。首先可以服用宫瘤消、桂枝茯苓丸等药物进行调理，并注意观察肌瘤的生长情况。黏膜下肌瘤生长较快，应尽早进行宫腔镜下电切术。还可以通过腹腔镜和经腹手术来进行治疗。
黏膜下子宫肌瘤的症状比较严重的，会产生很大的影响的，出现了疾病可以选择使用微创手术的方法来进行治疗，也可以选择使用口服中药的方法来提高人体免疫力，黏膜下子宫肌瘤应该及时治疗疾病。
子宫黏膜下肌瘤是子宫肌瘤中最容易引起的症状。主要引起的有月经量多、月经经期延长，但对于月经的周期没有影响。部分病人会导致不孕不育，甚至会怀孕后流产。治疗的方式有宫腔镜手术、开腹手术、海扶超声消融手术、宫腔手术适合带蒂的黏膜下肌瘤。
检查发现子宫黏膜下肌瘤，可以引起经期延长经量增多或伴有血块，或伴有不规则阴道出血，可以导致贫血的发生，还可以导致感染的发生，发现子宫黏膜下肌瘤，一般建议手术治疗，可以选择宫腔镜手术摘除，创伤相对来说比较小，术后恢复快。
中医治疗主要以药物治疗为主，即中药及中成药治疗为主，中药汤剂方法多采用活血化瘀消症，辅以健脾补肾或者补气等方法，一下中药药材可以改善临床症状，但对于瘤体大小的改善疗效，对于有手术指征的病患还是应该及时手术治疗。对于暂时不需要手术的病患定期复查随访尤为重要。
黏膜下肌瘤的治疗，如果较年轻，保留生育功能，黏膜下子宫肌瘤可以行宫腔镜下子宫肌瘤切除术。如果处于围绝经期，不保留生育功能，可以选择腹腔镜下子宫全切术或者经腹子宫全切术。