一旦发现囊肿积极治疗，除非病变很小，周围组织变形也很小，可进行随访观察，一旦囊肿随时间的推移而增大，则采取手术治疗。对于手术以往采用的方法为囊肿，腹腔分流术或开颅囊肿剥离切除术，虽然有一定治疗效果，但体内留有分流管或开颅创伤使病儿和家长产生一定的心理负担和恐惧。
进行抗感染治疗，如果明确是感染所引起的，可以用抗生素进行治疗，如果在观察期间及时复查，可以看到囊肿急速的增大，并且引起明显的临床症状，影响了日常生活，需要考虑手术的方式。
颅内囊肿一般是良性病变，生长缓慢，如果没有明显头痛头晕等不适的症状，应该注意养成良好的生活习惯，注意营养均衡，规律作息，避免熬夜和精神紧张，适当运动锻炼，增强体质，定期复查，如果出现头痛头晕等不适的症状，或是囊肿增大，需要手术切除。
脑囊肿主要根据囊肿的类型，囊肿的大小以及囊肿是否引起相关的症状来决定的治疗方式。对于没有任何症状的脑部囊肿，特别是脑部的蛛网膜囊肿，松果体囊肿等，一般们并不需要特别的外科治。
脑袋囊肿不会自己消失，脑囊肿通常指蛛网膜囊肿，由囊状结构形成，脑脊液被蛛网膜包围。通常不会自动吸收，服用治疗颅骨囊肿的药物效果不好。应去医院的神经外科看看是否需要手术。
