胃肠间质瘤是恶性肿瘤，大部分的胃肠间质瘤恶性程度不是很高，治疗方法主要是手术切除及靶向药物治疗。现在诊断是胃肠间质瘤的情况下需要及时的手术切除及病理化验，如果胃肠间质瘤直径大于5厘米的症状下，术后一般需要口服靶向药物如格列卫，预防肿瘤复发及转移。
胃肠间质瘤是源于胃肠道未定向分化的间质细胞，是一种间叶组织来源肿瘤。所有这部分间叶组织来源的肿瘤应该都有复发转移的倾向和可能，因此在本质上仍然是属于恶性肿瘤。
间质瘤分为良性肿瘤和恶性肿瘤，也是癌，想要看胃间质瘤是良性的还是恶性的，因为在胃肠道，手摸不会有触感，所以只能是切片做病理检查。如果是有恶性的病变，应该及时手术治疗。在饮食上不能吃油腻，也不能吃太多辛辣的。
如腺样囊性癌，侵犯神经较早，具有嗜神经生长的特点，早期即可造成病变部位面神经功能障碍。侵犯颧支造成眼睛闭合异常，侵犯颊支导致唇面沟变浅，侵犯下颌缘支造成嘴唇偏斜等，生长缓慢，如高分化癌和黏液表皮癌，生长特点类似良性肿瘤。早期对腮腺正常组织无浸润，对邻近面神经功能障碍无影响。
肿瘤发展成恶性，是很难治愈的，因为恶性肿瘤生长速度特别快，还很容易转移，所以手术难度是特别大的，而且很有可能切除不干净，因为这种恶性肿瘤还有可能会和器官粘连在一起，术后还要采用化疗的方法进行治疗。