菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
通常来说，吃益生菌拉肚子建议进行一般治疗。
吃益生菌拉肚子是一种很常见的生理现象，但当细菌的数量达到一定程度时，这个症状就会消除，所以建议在餐后使用。可以通过服用诺氟沙星胶囊来改善腹泻的症状，在腹泻的时候要适当补充水分，避免出现电解液失调和脱水现象。建议每日饮用一份酸奶，其中的有益菌含量比较高，对霉变细菌的繁殖也有一定的作用。日常生活中要多注意饮食的搭配。
益生菌是可以继续再吃的，主要是调理肠道菌群，如果腹泻次数频繁，可以用进行缓解，然后隔半个小时，在使用肠道益生菌，调理大便成型就可以停用，益生菌可以继续吃3到5天。
连续拉肚子先适当的服用一些止泻的药物来缓解目前的情况，比较严重的情况下可以去医院进行静脉输液的处理。最好是在这段时间内进行母乳的喂养，如果是由于添加辅食吃的太多营养不当引起的。可以适当的这段时间注意腹部的保暖，避免着凉。
消化不良、肠道菌群失调、急性肠胃炎等都会导致肚胀拉肚子。感染性痢疾可以通过血常规、便常规等检查。如果是消化不良或者是肠道菌群紊乱，可以口服莫沙必利、多潘立酮片、吗丁啉等来促进胃肠蠕动，也可以口服双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等。
如果患者出现发热、腹痛、白细胞、中性粒细胞升高等情况，可以口服盐酸左氧氟沙星或诺氟沙星。
胀气拉肚子可以在医生指导下使用药物治疗。
胀气腹泻大多是由于进食后消化不良加之腹部受凉所致，可服用黄藤素片，舒肝快胃丸和益生菌，若腹泻较严重，则需先止后消，止泻药物如蒙脱石散和消炎药如氟哌酸胶囊等。腹泻时须注意喝热水或淡盐水以防缺水。建议到医院就常规。注意腹部保暖、饮食上多吃清淡易消化食物，注意休息、勿疲劳。
