一般情况下，足背腱鞘囊肿初期可以使用扶他林软膏、吲哚美辛胶囊、双氯芬酸钠肠溶片、大七分胶囊等，都能起到抗炎症、活血化淤、通经活络的效果，对治疗囊肿的患者也能起到一定的缓解效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。还可以结合其它疗法，比如红外辐射、微波、小针刀等，如果不能有效地缓解关节的活动和疼痛，可以通过外科手术将肌腱鞘囊肿完全切除，有较好的治疗效果。
附件区的囊肿可能是生理性的，1-3个月经周期之内，囊肿通常就会自行的消失，所以不需要用药，可以使用彩超定期观察即可。如果附件区的囊肿持续存在的时间超过三个月，患者首先检查肿瘤标志物，如果肿瘤标志物没有因此，可以使用桂枝茯苓丸、散结镇痛胶囊等中药来治疗，如果中药治疗效果不好，患者需要则选择手术治疗来治疗。
脚背部腱鞘囊肿足背腱鞘囊肿吃的药有扶他林片、塞来昔布和布洛芬等。
从实质上看，主要是反复遭受慢性劳损和摩擦所致，良性肿块形成，任何一种药都不能使其根除。如症状不明显，无需特别治疗，但切忌局部受摩擦和挤压。若腱鞘囊肿渐大，甚至已表现为神经血管受压、局部肿胀症状，可主动采用外科手术进行切除，能有效改善症状。
一般来说，肝囊肿并不需要口服药物进行治疗。
除肝囊肿出现感染需要静脉用药的特殊情况外，通常情况下，针对较小的肝囊肿，仅保持定期彩超随访观察即可；而针对较大的肝囊肿，通常采取腹腔镜下肝囊肿开窗引流术或者局限性的肝段切除术等手术治疗。
肝囊肿患者平时应该适当运动，比如慢跑、游泳等，早睡早起，注意多休息，适量吃新鲜的水果和蔬菜，并清淡饮食，有利于身体健康。
腱鞘囊肿容易粘连，渗出造成疼痛。可以口服扶他林等非甾体类抗炎药，缓解疼痛，缓解炎症渗出。腱鞘囊肿内，滑膜渗出，腱鞘增生，影响血液循环。可以口服血府逐瘀胶囊等活血化瘀药物，减轻积液渗出，促进血液循环，减轻粘连。如果腱鞘囊肿比较严重，导致粘连，已经影响到活动或者疼痛非常严重。这时候可以选择镇痛治疗，也可以注射激素类药物和局麻药物。
