小儿发烧灌肠对于孩子的伤害，直肠内有它固定的生理环境，这样会造成直肠内的微环境的影响。如果长期或者多次用药物灌肠，会导致直肠黏膜、直肠的酸碱度，还有直肠壁的分泌吸收功能和生理环境发生改变，损伤肠道。其次是肠道内还有很多的细菌，很可能会随着灌肠液进入到肠道深处，造成污染，尤其是一些抗生素灌肠液，有可能会杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，继发感染而出现腹泻。小儿发烧灌肠危害很多，所以给小儿发烧灌肠，一定要特别注意要综合评估小儿的整体状况看是否可以耐受。遵循医嘱，尽可能的采用物理降温疗法，或者服用一些小儿退烧药物，尽量不采用灌肠的方式。
三周岁感冒发烧灌肠对身体的影响是容易引起直肠粘膜破损，出现直肠炎等感染性疾病发生。直肠有丰富的毛细血管网，对药物吸收率很高。但不能长期、反复进行灌肠治疗，另外格外还可以给孩子多喝水，促进病毒排泄，也有助于降温。
一般情况下，半岁宝宝发烧使用灌肠方法是比较好的。
灌肠一般是使用生理盐水、抗生素、抗病毒药、激素或中药及中药注射液等，通过直肠给药达到降温的目的，灌肠主要是通过直肠吸收药物，对全身的副作用很小，而且直肠黏膜血液旺盛，吸收能力强，药物能快速吸收。并解决了小孩吃药难，打针痛的问题。建议一天灌肠一次即可，防止多次灌肠引起肠黏膜损伤，继发引起腹泻。
宝宝出现发热，为防止发生高热惊厥，要退热处理。如果不能配合口服退热药，可以通过温凉的生理盐水灌肠进行物理降温，效果较好。一天灌肠一次即可，防止多次灌肠引起肠黏膜损伤，继发引起腹泻。
宝宝发烧后，最好不要给宝宝灌肠，肠道也是有粘膜的，如果经常灌肠对宝宝也不好，如果不想吃药，可以给宝宝外用退热栓，发烧可能是患急性上呼吸道感染，主要是病毒感染引起的，如呼吸道合胞病毒，腺病毒，流感或者副流感病毒等。