通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
宫颈腺囊肿是妇科常见病，一般不需要特殊治疗，但是应注意清洁、定期检查、注意护垫的使用，必要时可能需要物理治疗或手术治疗。
1.注意清洁：保持外阴清洁，避免不洁性行为，防止感染。
2.定期检查：定期进行妇科检查，如发现宫颈腺囊肿有增大或伴有其他症状，应及时治疗。
3.注意护垫的使用：避免长期使用护垫，因为护垫可能导致局部温度升高，有利于细菌繁殖，加重病情。
4.物理治疗或手术治疗：对于较大的宫颈腺囊肿，可以考虑物理治疗或手术治疗。
眼底囊肿应该注意休息，保持心情愉悦，注意用眼，特别是手机，电脑，一定要控制，多看远处，绿色的植物。多运动，比如跑步，多吃降火的食物，比如绿豆汤，去正规医院的眼科检查一下。
妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
怀孕有囊肿要根据怀孕的周期和囊肿变化情况选择不同的处理方式。
若孕早期检查B超时发现有卵巢有囊肿，通常建议观察为主，因为囊肿大部分是生理性的黄素囊肿，一般在怀孕3个月左右自然消失。若3个月后检查发现囊肿在逐渐变大，则建议等到怀孕4个月左右进行手术治疗，因为怀孕4个月左右胚胎较稳定，此时进行手术相对安全，及时手术能够有效避免卵巢囊肿扭转或恶变。
手背上腱鞘囊肿可以通过保守治疗、手术治疗等方式处理。
如果患者的手背上有腱鞘囊肿，一般不需要特别的处理，平时要多休息，不要做局部的重复推拿。如果腱鞘囊肿逐渐增大，出现疼痛，可以口服非甾体类抗炎药治疗，例如塞来昔布、布洛芬缓释胶囊或者是洛索洛芬钠片等，能够减轻局部疼痛的症状，对于柔软、活动度较好的小囊肿，可通过手法挤压，如果严重影响了手指的屈伸活动，可以穿刺取出，注入激素，或者做手术。
