通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
颅内囊肿一般是良性病变，生长缓慢，如果没有明显头痛头晕等不适的症状，应该注意养成良好的生活习惯，注意营养均衡，规律作息，避免熬夜和精神紧张，适当运动锻炼，增强体质，定期复查，如果出现头痛头晕等不适的症状，或是囊肿增大，需要手术切除。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
盆腔囊肿一般以卵巢囊肿多见，卵巢囊肿类型比较多，有时难以区分是良性的还是恶性的，可以应用一些中药可以起到活血化瘀的作用，来促进囊肿的消失，但是如果用药效果不好的情况下，还是需要尽早进行手术治疗，长大的囊肿可能产生扭转，破裂感染，当囊肿大于五厘米时要手术切除。
宫颈腺囊肿是妇科常见病，一般不需要特殊治疗，但是应注意清洁、定期检查、注意护垫的使用，必要时可能需要物理治疗或手术治疗。
1.注意清洁：保持外阴清洁，避免不洁性行为，防止感染。
2.定期检查：定期进行妇科检查，如发现宫颈腺囊肿有增大或伴有其他症状，应及时治疗。
3.注意护垫的使用：避免长期使用护垫，因为护垫可能导致局部温度升高，有利于细菌繁殖，加重病情。
4.物理治疗或手术治疗：对于较大的宫颈腺囊肿，可以考虑物理治疗或手术治疗。
