以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。口腔小粘液腺囊肿是由于粘液排泄管破裂，粘液外渗入组织间隙所致，或者是由微小肿瘤等造成粘膜腺体排泄管部分堵塞，分泌物储留于腺体内而形成。
上额窦囊肿应该到耳鼻喉科进行手术治疗的，手术切除以后的标本需要送病理，明确良恶性来决定下一步的治疗方案，另外刚刚手术以后的病人需要积极的进行消炎治疗，防止感染，很重要的。
考虑是口腔舌部的炎症和平时的生活饮食习惯以及不良刺激物的刺激都有一定的关系。最近这段时间一定要注意多休息，不要熬夜，少吃辛辣刺激性的食物，多吃些新鲜的瓜果蔬菜，及时治疗牙龈炎和龋齿，定期到口腔科洁牙等。
口腔囊肿分为发育性和炎性囊肿，发育性囊肿是指在牙胚牙齿的发育过程中或颌骨的发育过程中形成了囊肿，炎性囊肿是指口腔炎症所继发的囊肿，通常见于根尖炎，牙周炎或者其他疾病继发出现，需要到医院的口腔科就诊检查。此类疾病需要做到早期发现，早期治疗，平时可能需要加强预防，尤其注意口腔的卫生。
口腔囊肿也是分好多情况，而如果囊肿是牙源性来源的囊肿，是体积比较小，范围比较局限在根尖的附近。经过根管治疗以后，有一部分囊肿是可以自己消失的，是不需要做手术治疗。如果囊肿的体积比较大，或者非牙源形性的，有一些囊肿甚至是x线检查觉得像是囊肿，其实是肿瘤，比如角化囊性瘤，就是以前称为角化囊肿，造釉细胞瘤等之类的肿瘤，就是不会自己消失的，需要尽快做手术。
鼻子上额有囊肿必须要做鼻内镜手术治疗。如果仅有鼻窦炎，到可以暂时保守治疗，但是伴有囊肿，用药保守治疗无效，所以必须手术治疗为好。鼻窦粘膜囊肿是常见的鼻腔疾病，囊肿是良性的，不会发生恶变，要及早治疗。
