房颤引起脑血栓可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
房颤导致脑血栓形成，说明通常为血栓是由于左心耳脱落所致，若为脑血栓急性形成期，可考虑溶栓治疗，及抗凝治疗，只要及时处理，并辅之以增强脑神经功能药物，恢复情况总体较为理想。对于已经发生或可能会产生大范围栓子沉积在左心耳处，需要手术切除病灶的病例，建议首选外科手术方式，避免再一次栓塞性并发症的发生。如有脑血栓形成，应警惕房颤患者左心耳又有血栓可能，此时应长期口服抗凝药治疗，以防止心耳内血栓，可选华法林、达比加群等，口服药，如利伐沙班，防止血栓形成。另外还需要注意避免服用阿司匹林，因为它容易诱发脑出血和脑梗死。
头晕有可能是脑血栓的前兆，也可能是其他疾病引起的，并不一定都是脑血栓引起的，有可能是贫血引起的血压异常也会出现头晕的现象，而睡眠不足会出现头晕的现象，可以到医院做检查，检查能够发现引起头晕的具体原因。
大概一两个月以后，就可以慢慢恢复了，脑血栓引起头晕的恢复情况是根据个人的体质，是否能够及时治疗，脑部代偿能力，后期的康复而决定的。如果病灶较小，没有严重的血栓在大脑的功能区的情况下，恢复起来是比较容易的，大概一两个月就可以恢复。
抽搐是脑血栓形成后引起的继发性癫痫的临床症状，脑梗塞后遗症可以长期使用（但要注意出血），如果有脑梗塞后癫痫可以给予抗癫痫药物，建议平时要积极控制引发脑梗塞的危险饮食如高血压，糖尿病，高脂血症，高同行半胱氨酸，抽烟，饮酒，少动，血液黏稠等。
脑血栓发病小于6小时内的及时去医院脑血管科溶栓治疗，大于6小时的，只能给予软化血管等药物预防治疗，脑萎缩只能对症治疗，同时进行康复锻炼。平时要把血糖，血压，血脂控制稳定，尽量的多喝水。适当有氧运动。
有脑血栓的表现做CT看不出问题可能是脑血栓的病情程度不深，建议做进一步的头颅磁共振及颅脑血管磁共振等检查，这样好明确病情及诊断，待检查完善后及时治疗。头颅CT主要是对脑出血及脑外伤比较敏感。
