高密度胆固醇偏低的主要因素有生理和病理两种。
肥胖、吸烟、长期体力活动减少、压力、长期酗酒等生理原因可能会导致高密度胆固醇偏低，患者可以多摄入一些富含纤维素的蔬菜、水果、豆类、燕麦等，有助于改善不适症状。脑血管病、肝功能损害、糖尿病等病理性的因素也可能会导致高密度胆固醇偏低，这种情况患者应该及时前往医院就诊检查，针对原发疾病进行治疗。
高密度脂蛋白含有人胆固醇总量的20%～30%，正常男性应在1.2毫摩尔/升，女性在1.4毫摩尔/升为好，增高对机体没有影响，降低就会有低密度脂蛋白增高的情况，高密度脂蛋白增高不增加心脑血管危险因素。
不好，高密度胆固醇低可导致动脉粥样硬化或血液供应不足，常见原因是脑血管疾病、冠心病、高甘油三酯血症、急慢性肝炎、肝硬化、肝癌、糖尿病、吸烟、缺乏锻炼等肝功能损害。
一般情况下，高密度胆固醇高是一种无需进行任何处理的好现象。高浓度胆固醇是一种脂肪类物质，主要是通过肝脏合成，具有抑制动脉粥样硬化的功效，能够将肝外的胆固醇输送到肝中进行代谢，从而达到降低血液中的胆固醇水平。因此，高密度胆固醇是一种好的现象，良好的血脂，高浓度的高密度胆固醇高，则患有冠心病的几率就会降低。
高密度脂蛋白胆固醇偏低，在临床上可能预示着出现冠心病、高甘油三酯血症患者、肝硬化、糖尿病等疾病，需要做进一步的确诊检查。也可能是因为不运动、过度减肥等情况造成的。