通常情况下，亚急性甲状腺炎可以使用药物进行治疗。具体分析如下：
亚急性甲状腺炎是一种与病毒感染有关的自限性疾病，也是最常见的痛性甲状腺疾病，主要表现为发热、颈部疼痛等，严重者可伴发全身肌肉酸痛、发热、心慌、手抖等不适，可以使用药物进行治疗，例如甲泼尼龙片、阿司匹林片、吲哚美辛肠溶片等。患者要保持情绪稳定，发热患者要及时治疗，可采取物理或药物降温。
亚急性甲状腺炎应给予解热镇痛药及糖皮质激素类药物。
多数病人由病毒感染所致上呼吸道感染，就是病毒对甲状腺滤泡的损害，在甲状腺组织中诱发免疫反应。临床上分为亚急性肾炎型、慢性期以及慢性肾病综合征型三种类型。亚急性甲状腺炎应给予解热镇痛药及糖皮质激素类药物，糖皮质激素药物是优先选择，能迅速减轻发热和痛苦。在发病后一定要及时就医并进行相应处理，避免造成不良后果。平时注意睡眠充足，保持心情愉快。
亚急性甲亢的女性如果有妊娠需要进行保胎的护理。亚急性甲亢是一种具有自我修复能力的病症。甲状腺功能减退分为三个时期，分别是甲状腺功能亢进、甲减、恢复三个时期，不管是哪个时期的妊娠都会对胎儿造成一定的伤害，因此要避免使用非甾体类的消炎药，要多休息，多喝水，定期进行孕检。孕妇需要通过B超、彩超等检查，明确胎儿的情况。
亚急性甲状腺炎可以通过西医的药物来进行治疗。此时要根据病人的情况选择合适的药物。如果是轻度的，可以缓解局部症状，也可以缓解甲状腺功能的异常。
常用的止痛药物是阿司匹林，也可以服用醋氨基酚、水杨酸盐等药物，对亚急性甲状腺炎有很好的控制作用。如果是比较严重的病人，出现了发热、疼痛等症状，可以使用口服阻滞剂普萘洛尔等非类固醇抗炎药。
也可以使用强的松等糖皮质激素，这是一种能够迅速减轻病人身体不适的药物。在治疗期间要注意观察病人的血沉变化，并在医生的指导下使用药物。
亚急性甲状腺炎病人头痛，亦为较普遍之现象。
一般发生头痛时，多是因为病毒或者其他因素造成的。由于亚急性甲状腺炎病人起病前往往合并病毒感染，而且许多病人患病后，上呼吸道感染未痊愈时，还可有发烧和无力的不舒服，还会有头痛的感觉。所以说这主要是因为上感病毒或者其他因素所引发的头痛。此时需要排查其它的引起头疼的原因，若全部检查出来，想想还因为上感之类引起头痛，这时可应用止疼药，并给予适当休息。
亚急性甲状腺炎转甲减，论证已进入中期，亚急性甲状腺炎发生甲减时亦为暂时性，因此，无需甲状腺激素代替治疗。若患者甲减症状显着病情严重，可在一定时间内选用甲状腺激素进行替代治疗。
此外，亚急性甲状腺炎转甲减的患者也需要注意改善不健康的生活习惯,不能过度劳累,不能熬夜,不能昼夜颠倒,保证睡眠充足，同时避免进食辛辣刺激的食物。