肝内胆管结石体积相对较大且超过2-3厘米，要尽快的做手术。如果体积小于一厘米，可以先做一些简单的处理，可以服用一些能促进胆囊功能、排石和保肝的药物进行治疗，并且要定期复查。肝内胆管结石是难以通过微创手术治疗的。内窥镜和导丝不允许进入更深的石头位置。要继续口服药物，并每三个月进行一次审查。如果结石增加明显，应该考虑手术治疗。平时注意休息，饮食清淡，避免刺激性饮食，注意卫生，避免感染的出现，同时避免过度的劳累。
可以通过药物刺激，分泌出的胆汁使胆囊口自动打开，胆管自动放大，胆囊收缩时，通过药物刺激变松弛的胆管排出，然后进入肠道，在肠道的蠕动下最终以排便的形式排出体外。
胆管结石不严重，考虑胆管结石引起腹痛恶心呕吐不适情况，可以注意休息避免剧烈活动劳累，注意饮食清淡规律，忌辛辣刺激生冷油腻食物，可以考虑当地正规综合性医院普外科就诊b超检查看看，较小胆管结石应用一些排石利胆药物治疗观察。
如果有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物，也可以采取中医辩证治疗的，如果反复发作，可以考虑手术治疗，可以使用腹腔镜治疗的，这样损伤性较小，具体的，建议遵当地的医嘱的。
肝内胆管结石伴有胆管炎症的，饮食上需要更加注意。对于辛辣刺激食物也不能吃太多，如辣椒，大蒜，生姜，韭菜，芥末，尖椒等。这些食物可导致刺激胃粘膜，引起消化不良以及十二指肠乳头水肿，导致胆汁反流以及引流不畅，最终会引起胆管结石炎症反复发作。
胆管结石一般就是通过胆管位置的B超检查，造影检测技术明确有石头堵塞，B超检查一般是强回声光团，会引起胆汁排泄有问题，容易胆汁到血液里面引起皮肤搔痒，或者是容易出现肝脏的损害肝炎。肝内胆管结石的发病主要与饮食和生活习惯的遗传因素有关，治疗方法取决于结石的大小和症状，如果直径不太严重，胆石症一般建议是外科治疗。