要根据结石所在的位置，选择相应的治疗方法，首先，手术是解决所有结石均可以采用的方法，但手术毕竟创伤大，现在绝大多数已经被微创或无创治疗所取代。如果是肾结石，可以采用经皮肾穿刺钬激光碎石术，也可以采用输尿管软镜下钬激光碎石术；如果是输尿管结石，一般选择体外震波碎石治疗，体外震波碎石失败的可以选择输尿管镜下碎石治疗；膀胱结石，可以直接进行膀胱镜下碎石治疗。
肾及输尿管结石的治疗要根据结石大小、部位、数目、形状、一侧或两侧，有无尿流梗阻、伴发感染、肾功能受损程度、全身情况以及治疗条件等进行具体分析，全面考虑。但当绞痛发作时，首先应该使症状缓解，而后再选择治疗方案。非手术治疗方法有大量饮水，中草药治疗，针刺，经常作跳跃活动。或者体外冲击波碎石。结石引起尿流梗阻已影响肾功能、或经非手术疗法无效，无体外冲击波碎石条件者，应考虑手术治疗。
碎石后应该休息一到两天，这样可以有效的观察病情，有效的防止血尿加重，肾结石或者输尿管上段结石碎石后，输尿管或者肾脏可能会有或多或少的损伤，结石碎石后会向下移动，这时候不能做剧烈运动，剧烈运动有可能导致结石引起梗阻加重，引起发热、中毒肾积水等。
综合分析尿路结石的位置、大小、位置，是否合并肾盂积水，采取体外震波碎石、药物碎石、经皮肾镜取石、钬激光、传统外科治疗等治疗措施。到泌尿科或当地医院碎石中心咨询，根据b超检查结果，有无相关症状，结石的数量、大小、位置，制定合适的治疗方案。
尿结石最典型的症状就是疼痛、血尿、恶心、呕吐以及膀胱刺激征。根据不同部位的结石，疼痛的性质不一样，有可能是钝痛，也可能是绞榨样疼。目前治疗肾结石、输尿管结石的措施有非手术治疗以及手术治疗。较小的结石，比如＜0.6cm，可采取解除疼痛以及促进结石排出的药物进行非手术治疗，如果＜0.4cm的结石，绝大部分能够自行排出。对于较大的结石，根据结石不同的部位，治疗结石的手术方法也不相同。
对于输尿管结石的治疗原则是小于5毫米的不需要特殊治疗，可以自己排出；大于5毫米小于2厘米的可以做体外碎石治疗。大于2厘米的需要手术治疗。患者可以根据超声显示的结石大小进行治疗。同时多喝水，应用消炎药预防感染。