输尿管结石微创手术方法包括输尿管镜和经皮肾镜手术。输尿管镜手术，通过输尿管软镜技术将输尿管或肾中结石取出，不适用于较大的结石；经皮肾镜手术，从腰上肾的部位打一个小孔，直到结石部位，通过特殊的器械和方法，把结石打碎，从小孔取出。体外冲击波碎石，又称微波碎石或震波碎石，是较常用的方法，具有花费小、损伤小、恢复快和费用低等优点。
通常在7天-10天会拔管，输尿管内也会放一个双接管，需要病患出院带回家，在手术后一个月，再到医院进行拔除。体内有双接管要少活动、勤排尿，避免双接管摩擦膀胱内壁引起疼痛和血尿。
输尿管结石手术，常见的就是输尿管镜钬激光碎石、输尿管切开取石、腹腔镜切开取石以及经皮肾镜手术碎石取石，这些手术都需要麻醉，手术后都需要留置DJ管在输尿管内支撑，所以这些手术后患者不能有效的排尿，所以必须要留置尿管。
有些可能是碎石之后，比较小的结石一两天就排完了。有些可能要十天，甚至半个月或者半个月以上，才可能排完石。当然也有一部分人存在输尿管狭窄的原因，即使碎了石，也不能完全排出。往往就需要进行手术，来辅助排石。
输尿管结石微创手术方法，在输尿管尿道口尿道进入膀胱，然后沿着输尿管口插入导尿管中，直至输尿管结石的位置，在输尿管镜的指使下沿着通道插入钬激光光纤或者气压弹道设备，将结石打碎取出。