输尿管结石因为嵌顿位置不同，导致的疼痛部位也不同，如果在输尿管上段，可能是腰部疼痛，如果在输尿管下段，一般是靠近下腹，但是当排尿的过程中，如果膀胱结石进入尿道，造成尿道堵塞，会引起阴茎疼痛明显。
输尿管结石疼痛的缓解是需要医疗干预，若是前尿道结石，需从尿道口取出，若是后尿道结石，需将结石送回膀胱，再进行碎石取出，尿路结石是最常见的泌尿外科疾病之一。
输尿管结石主要是由于输尿管的管径略小于结石的直径，因此会在结石排出的过程当中形成局部摩擦以及卡压，由于输尿管黏膜上有很丰富的神经就会感知到疼痛，同时结石在排出的过程当中也会刺激输尿管黏膜，而导致输尿管强烈的收缩，因此就会出现比较明显的疼痛症状。
输尿管结石因导致尿液排出受阻，肾盂内压力突发增高，导致肾绞痛的发生。疼痛较剧烈，常常伴有恶心呕吐，及停止排气腹胀不适。需要与胆绞痛、阑尾炎、胰腺炎及卵巢囊肿蒂扭转等鉴别。肾绞痛可以通过肛门外用抗炎止痛药等。如果仍频繁出现肾绞痛，也可以通过行体外冲击波碎石，或留置输尿管支架解除梗阻，达到止痛效果。
必须使用一定的止疼药物。在输尿管活动的过程当中，有可能损伤输尿管的粘膜，刺激周围的神经，从而导致疼痛，这种疼痛称为肾绞痛。疼痛一旦发生，想要缓解，如果石头不动，自然而然疼痛就会慢慢减轻。
出现腹部疼痛，尿痛等检查是输尿管结石引起的。严重可以出现恶心呕吐，泌尿系统感染，肾脏积水，肾脏功能不全等。治疗可以服用解痉止痛药物，服用非甾体抗炎药物。结石大于0.6CM可以碎石治疗。