通常情况下，甲状腺囊肿不能自己消除。具体分析如下：
甲状腺囊肿是由甲状腺结节囊性变而来，绝大多数为良性。多数甲状腺囊肿本质是结节性甲状腺肿或甲状腺腺瘤，前者最常见，往往多发，经历了增生期、胶质贮存期，最后到结节期。在囊性变之后，就成了所谓的囊肿，不会自行消失，而且还会逐渐增大。甲状腺囊肿病变性质不容易发生変化，少数人可以有囊内出血而迅速增大，但这种变化多可以自止，病变性质无变化，不必过于紧张。
甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
甲状腺囊肿形成的原因：
1、甲状腺腺瘤改变是由于瘤体缺血液化形成囊肿；
2、原发性囊肿是甲状腺腺体退化，多见于老年患者，属良性病变。如果不影响外观或压迫周围器官，就不需要做手术。甲状腺结节分为恶性结节和良性结节，恶性结节一般为实质性结节，边界不清、血流丰富、内部有钙化的囊性结节很可能为良性结节，内部无血流或钙化。
甲状腺囊肿是不会自己消失的，需要进行手术切除。甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物，甲状腺囊肿通常没有症状，除非囊肿很大或囊肿内有出血的现象，这时可能造成一些压迫的症状，如疼痛、吞咽困难、呼吸困难、声音沙哑等。
甲状腺结节不治疗是不会变小的。建议应及时进行检查治疗，如果出现了压迫症状，疼痛、吞咽困难、呼吸困难、声音沙哑等应及时进行手术治疗。为了防止术后复发和手术对癌细胞清除不完整，常采用中西医结合治疗，手术切除后饮食应注意清淡。