一般情况下，输尿管软镜治疗肾结石的方法是：经尿道经输尿管软镜进入膀胱，经患侧输尿管膀胱开口处插入软镜至结石肾一侧输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，用钬激光碎石清除结石，取出碎石后退镜；采用膀胱镜将“双J管”插入输尿管，以保证输尿管的通畅，防止残余结石堵塞输尿管。输尿管软镜碎石对于小于2cm的肾结石有很好的效果，但是对于太大的结石，可能效果不是很理想。
尿结石适合的是体外冲击波碎石治疗，如果碎石失败，可以输尿管插管或者输尿管镜碎石清石治疗。手术后输尿管留置支架管一个月。要继续碎石治疗，直到结石排出输尿管。
开放性手术：兴起于80年代，是早期的肾结石手术治疗方式，常见的有肾盂切开取石、肾实质切开取石、输尿管切开取石等；微创碎石取石治疗：常见的有硬性输尿管镜碎石取石术、输尿管软镜碎石取石术、经皮肾镜碎石取石术等，是近几年较主流的手术治疗方式。
肾结石治疗方法常用的是手术治疗，手术治疗分为很多种。对于肾脏结石以及上尿路结石，一般通过经皮肾镜手术进行治疗，该手术的方法主要是在超声或者射线定位的情况下穿刺皮肤进入肾脏肾盂内，扩张建立通道，把肾镜经通道插入到肾盂内，在激光或者气压弹道的作用下，打碎结石。输尿管镜手术是经过尿道，膀胱，输尿管把输尿管镜送入结石的部位，将结石打碎。
最常做的手术都是体外冲击波碎石术，一般不需要开刀，直接可以通过体外，用声波把石头打碎，打碎之后促进它的排出，还有一些如果手术处理不了的结石，可能会用到微创手术治疗。
