一般情况下，儿童病毒性疱疹性咽峡炎的治疗方法是雾化吸入、口服中成药等。
首先是应用干扰素进行雾化吸入治疗。干扰素具有明显的抗病毒作用，雾化又是属于局部的治疗途径，从而既能起到良好的效果，还可以给儿童口服抗病毒的中成药。比如，可以给孩子应用蒲地蓝消炎口服液或者蓝芩口服液，银黄颗粒等中成药，治疗期间饮食以温凉流质为主，禁食过烫、刺激性、硬的食物，同时配合蔬菜汁
儿童疱疹性咽峡炎会有高热、咽痛、口腔有疱疹和溃疡、流口水、厌食、呕吐等症状。同时咽部充血，在咽腭弓、软腭、悬雍垂的黏膜上可见数个至数十个2～4mm大小灰白色的疱疹，周围有红晕，表面覆有淡黄色或白色假膜。疱疹也可发生于口腔的其他部位。可有颌下淋巴结肿大伴有压痛。
抗病毒的治疗为主，如清热解毒的中药；小儿高热惊厥，应给予退热处理，减少惊厥并发症；出现全身其它症状，需对症治疗，可加服维生素类药物；饮食以温凉流质为主，禁食过烫、刺激性、硬的食物，同时配合蔬菜汁。
若是出现轻度或是中度的发热症状时，需要以物理降温为主，一旦体温超过38.5度时，则应当遵医嘱使用一些退热药物，尤其是伴有高热惊厥的患儿，则应当引起高度的重视，合理使用镇静剂以及止痛剂。
多喝水，吃清淡好消化的食物。可以多喝粥、牛奶、面条等食物。要多吃菜。让孩子多睡觉，少在户外活动，以防传染给其他小朋友。居住环境要干净、整洁、通风，这样可以减少病菌感染的机会。每天用淡盐水簌口，避免过冷、过烫、过酸、过甜等食物的刺激，食物放在温热时食用。这样可以减少食物免对疱疹的刺激。
疱疹性咽峡炎可有咽痛，发热，咳嗽，检查可见咽部疱疹，抗炎抗病毒治疗有效，初选哮鸣音考虑初选支气管哮喘或者喘息性支气管炎可能，需要雾化吸入治疗，还需坚持输液治疗，去医院进一步检查，明确病情，合理治疗，做好护理，避免出现喘憋。