抗病毒的治疗为主，如清热解毒的中药；小儿高热惊厥，应给予退热处理，减少惊厥并发症；出现全身其它症状，需对症治疗，可加服维生素类药物；饮食以温凉流质为主，禁食过烫、刺激性、硬的食物，同时配合蔬菜汁。
若是出现轻度或是中度的发热症状时，需要以物理降温为主，一旦体温超过38.5度时，则应当遵医嘱使用一些退热药物，尤其是伴有高热惊厥的患儿，则应当引起高度的重视，合理使用镇静剂以及止痛剂。
一般情况下，儿童病毒性疱疹性咽峡炎的治疗方法是雾化吸入、口服中成药等。
首先是应用干扰素进行雾化吸入治疗。干扰素具有明显的抗病毒作用，雾化又是属于局部的治疗途径，从而既能起到良好的效果，还可以给儿童口服抗病毒的中成药。比如，可以给孩子应用蒲地蓝消炎口服液或者蓝芩口服液，银黄颗粒等中成药，治疗期间饮食以温凉流质为主，禁食过烫、刺激性、硬的食物，同时配合蔬菜汁
疱疹性咽峡炎可有咽痛，发热，咳嗽，检查可见咽部疱疹，抗炎抗病毒治疗有效，初选哮鸣音考虑初选支气管哮喘或者喘息性支气管炎可能，需要雾化吸入治疗，还需坚持输液治疗，去医院进一步检查，明确病情，合理治疗，做好护理，避免出现喘憋。
治疗小儿疱疹性咽峡炎，首先要应用抗病毒的药物对症治疗，根据病情的严重程度决定给药的途径，可以口服、局部雾化吸入和静脉滴入。一般此类疾病不应用抗生素，除非血常规检查白细胞和中性粒细胞增高，提示合并细菌感染，才应用抗菌素。同时要多饮水和流质饮食，补充患者的液体量。出现高热时要及时应用解热药物，避免引起高热惊厥。