以手术治疗效果较好，其他的像激光、微波热凝、冷冻或局部注射药物也能治疗，但容易复发。因为囊肿周围往往有肿大的腺疱，在手术时需要一并切除，以免术后复发。口腔小粘液腺囊肿是由于粘液排泄管破裂，粘液外渗入组织间隙所致，或者是由微小肿瘤等造成粘膜腺体排泄管部分堵塞，分泌物储留于腺体内而形成。
口腔囊肿也是分好多情况，而如果囊肿是牙源性来源的囊肿，是体积比较小，范围比较局限在根尖的附近。经过根管治疗以后，有一部分囊肿是可以自己消失的，是不需要做手术治疗。如果囊肿的体积比较大，或者非牙源形性的，有一些囊肿甚至是x线检查觉得像是囊肿，其实是肿瘤，比如角化囊性瘤，就是以前称为角化囊肿，造釉细胞瘤等之类的肿瘤，就是不会自己消失的，需要尽快做手术。
看囊肿情况有无增大，肝囊肿就是肝脏中的“水泡”，是长在肝内的一种良性疾病之一。其部位、大小和数目不一多见于女性。引起肝囊肿的病因不十分清楚，以先天性的原因为最多，生长极为缓慢，有的还合并肾囊肿。当囊肿数目较多、时间持续太久者，可能有轻度肝功能损害。需要选择手术治疗进行切除或者切开引流，平时也要注意合理饮食。
口腔囊肿一般分为根尖周囊肿，含牙囊肿，以及牙源性角化囊肿。范围小的根尖周囊肿，可以在牙齿做完根管治疗后，进行囊肿的搔刮术，把囊肿清理出来。含牙囊肿的治疗原则是，手术摘除囊肿以及囊肿内所含的牙齿。
口腔囊肿分为发育性和炎性囊肿，发育性囊肿是指在牙胚牙齿的发育过程中或颌骨的发育过程中形成了囊肿，炎性囊肿是指口腔炎症所继发的囊肿，通常见于根尖炎，牙周炎或者其他疾病继发出现，需要到医院的口腔科就诊检查。此类疾病需要做到早期发现，早期治疗，平时可能需要加强预防，尤其注意口腔的卫生。
口腔囊肿，是由于慢性炎症刺激引起的症状，会出现局部出现异物感的情况，可以及时采取消炎药物进行治疗，口腔囊肿发病初期一般都为良性肿物，其与周围组织间有很明显的界限，所以手术很容易摘出，建议平时多吃一些清淡易消化的食物。
