单纯疱疹与手足口病的区别可通过感染的病毒类型、水疱分布、表现及病人症状识别。如Ⅰ型单纯疱疹由疱疹病毒感染引发，仅头面和口唇部有小水疱，水疱疱壁薄且易破裂糜烂，易复发，病人极少发热。
一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。
口腔疱疹指疱疹性咽峡炎，而不是指单纯疱疹，因为单纯疱疹出现在口周、嘴唇附近，可以出现在皮肤上，并不是在口腔之内，手足口病的皮疹除了口腔之内，还可以出现在手心、脚心、肛周，皮疹的形态主要是红丘疹、疱疹。
疱疹性咽颊炎只是上呼吸道的感染，而手足口病是一个全身性的传染病，两者的发病部位不同，疱疹性咽颊炎皮疹主要是局限在咽颊部和上颚，手足口病除了口腔里面的皮疹，还会出现手心、脚心等其他部位。
疱疹性咽峡炎和手足口病主要区别在于临床表现不一样。疱疹性咽峡炎主要是肠道病毒感染，临床常表现为高热，口腔咽峡部出现很多疱疹，常伴随有剧烈的咽部疼痛，吞咽困难，进食比较困难，流口水也增多。而手足口病主要发生于夏季，也是由肠道病毒感染所导致，常表现为手、足、臀部等部位的皮疹。
