肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内胆管结石需要做手术治疗，要到大型的医疗机构去做手术，有手术治疗、激光碎石、中医治疗。如果一旦引起梗阻，有可能会引起很多并发症。增加鱼、瘦肉、豆制品、新鲜蔬菜和水果等富含优质蛋白质和碳水化合物的食品食用量，以保证热量供应，从而促进肝糖原的形成，保护肝脏。
肝内胆管结石能活20年-30年。肝内胆管结石不影响寿命，它是一种良性的病变，并不是癌症，也不是恶性的肿瘤。要保持良好的心态，生活要有规律，作息的规律，避免劳累以及精神的高度紧张。可以采用积极的治疗来去除肝内胆管的结石。
肝内的钙化灶，如果不大，没有压迫正常的肝脏组织，也没有压迫肝内胆管，一般不会有什么明显的危害，而肝内胆管结石就不一样了，如果结石比较大，会堵塞胆道，引起阻塞性黄疸，所以需要及时进行治疗，如果保守治疗的效果不好，就需要采取微创手术治疗。
肝内钙化灶和肝内胆管结石的区别是肝内钙化灶是指肝脏组织或者是细胞里面的钙化表现，肝内胆管结石说明是肝内胆管里面长了结石。肝内胆管结石会出现远端的胆管出现扩张，肝内钙化灶不存在这样的现象。
通常情况下，引起肝内胆管结石的常见原因有胆汁的排泌障碍、细菌感染、寄生虫感染、先天的胆管扩张症等。
胆管结石是临床胆石症的一种，临床上最常见的症状是上腹部疼痛，可呈胀痛或是绞痛，部分患者伴有发热。肝管梗阻时，可出的黄疸，通常来说，引起肝内胆管结石的常见原因有胆汁的排泌障碍、细菌感染、寄生虫感染、先天的胆管扩张症等。
